Covid19 simulation code pe GitHub

Au pus cod pentru simulare pe GitHub: https://github.com/mrc-ide/covid-sim

Codul e foarte controversat, se pare ca a stat la baza politicilor anti-covid19 din UK.
Se poate vedea asta si din comentariile de la ‘issues’.

Personal sunt de parere ca nu are prea mult sens sa mergi dincolo de modele simple. O parte dintre motive sunt prezentate aici: https://constancecrozier.com/2020/04/16/forecasting-s-curves-is-hard/

Situatia e intr-un anume sens similara cu cea de la modelele climatice, dar exista diferente substantiale care in cazul unei pandemii iti permit mult mai usor sa poti prevedea ca ‘o sa fie catastrofic’ (fara sa prevezi detaliile).

Post-ul meu despre epidemii: https://compphys.go.ro/epidemic/

LE: O critica aici: https://lockdownsceptics.org/code-review-of-fergusons-model/

3 Likes

Toata discutia asta cred ca nu isi are rostul. At this point ar trebui sa fim concentrati pe ce trebuie sa facem acum, in loc sa ne vaitam ca un Imperial College a scris cod ce are bug-uri gigantice. Cred ca este mai important in perspectiva sa avem transparenta in modalitatea in care oamenii de stiinta fac publice studii/simulari care influenteaza politica publica.

Vezi si cazul lucrarii celebre despre HCQ+Azytromicyn, criticata la randul ei.. Desi efectelor lor sunt complet diferite, simularile nerepetabile de la Imperial College au influentat politica interna din UK, si probabil, din lume, iar lucrarea groundbreaking a francezilor a influentat doar schemele de tratament la mii (zeci de mii?) de pacienti din lume.

Din punctul meu de vedere este si mai ingrijorator ca lucrarile astea problematice sunt raportate de presa, fara o intelegere foarte clara a ce reprezinta, si care sunt efectele repetarii la nesfarsit a unor studii pe jumatate intelese (si sunt darnic cand spun jumatate). La care adaugam si nevoie politicienilor de a lua reactii rapide, de a parea ca fac ceva, plus ca a fost (si este) vorba de o situatie cu care omenirea nu s-a intalnit de cand traim in modul asta hiper-globalizat.

Cat despre utilitatea metodelor luate de guvernele din toata lumea, am citit un statement de la German Network for Evidence-based Medicine de pe 20 martie care spune cam asa la concluzii:

Overall, there is still very little robust evidence - neither on COVID-19 itself, nor on the effectiveness of the current measures. However, the serious threat posed by the COVID-19 pandemic cannot be disregarded, and NPIs (non-pharmacological interventions) - despite lacking evidence - are the only thing that can be done if we don’t want to simply stand by and hope. […] NPIs currently appear to make sense after consideration of the pros and cons, but they should not be conducted without meticulous accompanying research. Therefore, in addition to the undoubtedly necessary basic virological research, cohorts and registers must be established immediately in order to gather important scientific understanding for future pandemic situations.

Hindsight is 20/20, cum zic americanii, asa ca ar trebui sa vedem cum trecem mai departe si cum ne folosim de datele de pana acum ca sa incetinim pandemia si efectele ei.

2 Likes

In principiu codul sursa folosit pentru articole stiintifice ar trebui sa fie disponibil.

Sigur ca nu poti neaparat avea pretentia asta pentru articole publicate in trecut, unde codul probabil nu mai exista. In unele cazuri chiar daca exista, autorii nu sunt tocmai incantati de el si nu au chef sa-l puna ‘la liber’ ca sa sara cu critica tot felul de habarnisti cu privire la subiect, dar ‘experti’ in software.

Un caz particular il mentioneaza chiar autorii Car-Parrinello in video-ul pe care l-am pus la mine pe blog: https://compphys.go.ro/car-parrinello-quantum-molecular-dynamics/ Recunosc clar ca au scris cod rapid, in stil galopant, cu picioarele, in fortran bineinteles. Dar… metoda functioneaza, dupa cum au observat toti cei care au aplicat-o in alte studii, articolul (la care de asemenea am pus link) avand peste 12000 de citari.
Ca o mentiune, prin 2000 si ceva urmasul acelui cod a depasit 200000 de linii. Foarte probabil spagetti code.

O alta metoda mentionata de mine: https://compphys.go.ro/korringa-kohn-rostoker-method/ nu numai ca nu are codul ‘original’ disponibil, dar Korringa nici nu a scris cod, neavand la dispozitie calculator. S-a multumit doar sa scoata teoria. Kohn & Rostoker au scris ceva cod, nici acela nefiind disponibil (poate la cerere, in perioada respectiva) si dupa descrierea din articol era chiar nefunctional la energii ceva mai departe de zero (am lasat comentata in cod metoda originala pentru cei care sunt curiosi, nu converge la energie ceva mai mare).

Cu toate acestea, rezultatele sunt reproductibile si aici e esenta. Daca sunt reproductibile, nu e nevoie de cod. Ajunge descrierea teoriei. Din pacate, treaba asta nu e valabila peste tot si poate fi chiar mai rau, de exemplu in climastrologie chiar daca e disponibil cod, e cam dificil sa-l rulezi, pentru ca ai nevoie de un mic supercomputer.

1 Like